儀器外部清潔：不使用乙醇或其它有機溶劑擦洗儀器表面，可用干抹布擦拭表面，去除灰塵及殘留液體。特別是散熱風扇容易積灰，應用吸塵器及時清理，防止灰塵過多影響電子元件性能。運動軸表面需要保持清潔，可用干抹布擦拭表面，防止灰塵進入損壞運動軸。加熱爐及樣品盤需要保持清潔，防止硬物進入影響抓取精度或損壞樣品瓶。
更換進樣針：
進入儀器工作站中的調試模式，下滑至進樣針三軸區域，點擊“更換進樣針”，待取樣針三軸運動至進樣針更換位置后，用6mm扳手擰松進樣針螺紋，取下進樣針，取一根新的進樣針，一個針頭壓環，將針頭壓環放入進樣針螺帽內，壓環尖頭朝外，將新的進樣針裝上，手擰緊后，用6mm扳手再擰半圈，進樣針更換完成。長期不使用的頂空進樣器取樣針、進樣針、載氣入口應密封。
樣品瓶的清洗：
樣品瓶的潔凈程度，在樣品分析過程中，起到了關鍵性的作用，清洗樣品瓶，能夠避免許多不必要的分析問題。推薦的樣品瓶清洗流程：將瓶內的樣品沖洗掉，加超純水超聲波清洗一到三次，每次二十到三十分鐘，或浸泡過夜，然后使用超純水沖洗三次，置于鼓風干燥箱中烘烤一百二十分鐘，根據樣品瓶潔凈程度設置溫度，冷卻后取出，置于無有機污染物的地方密封保存，或立即使用。對于盛裝了含有大量污染物的樣品，如含油樣品、土壤樣品等，可加入洗滌液配合試管刷刷洗，將殘留在瓶壁上的污染物刷掉，超聲波清洗后，再用超純水沖洗。其它清洗方式有使用鉻酸洗液、酸液或堿液等清洗干凈，烘干后方能使用。
